Após ser levado para a direção oposta à pretendida, o Padre Idelir foi arrastado pelos ventos rumo ao litoral de Santa Catarina, e enfrentou dificuldades para operar os equipamentos de navegação e comunicação com a equipe que monitorava a viagem em terra.
Sem saber exatamente a sua localização devido às dificuldades com o uso do GPS, o padre fez um último contato pelo celular no início da noite do dia 20 de abril.
Após a constatação de seu desaparecimento, equipes passaram a fazer buscas utilizando barcos e aviões, que foram dificultadas pelas condições climáticas desfavoráveis e pela chegada da noite.
Já no dia seguinte ao desaparecimento as equipes de busca encontraram fragmentos de balões em praias da cidade de Penha, em Santa Catarina, a cerca de 140 quilômetros de distância de Paranaguá.